Isso pode ser outro bug de atualização do MS.
Alguns dias atrás eu instalei uma nova cópia do Windows 7, incluindo todas as atualizações - mesmo resultado. Lento fade no lançamento de aplicativos / explorador. Como uma "correção" temporária, pode ser útil usar o limpador ccleaner ou o registro limpo.
No escritório, tenho outro computador com o mesmo problema, começando no início de março - não houve problemas antes. Eu usei o CCleaner nele e parece bem.