O recurso sobre o qual você está falando não é específico do Chrome. Ocorre em qualquer navegador que você usa e faz parte do site que você está visualizando.
O pop-up é geralmente usado para impedir que um usuário exista uma página enquanto o conteúdo não salvo ainda está sendo executado, como um formulário, postagem ou lista de reprodução, etc. A caixa é parte do site que você está visitando, e não parte de o navegador.
Como tal, não há muito o que fazer a respeito de um script personalizado para bloquear o comportamento do site.