A diferença entre o Ubuntu e o Windows provavelmente se deve ao fato de os drivers agirem de forma diferente. Isso é conhecido como "capacitor squealing" (você pode google), onde, por algum motivo, o capacitor (geralmente na GPU) faz um ruído estridente ao atingir uma certa tensão. Isso geralmente é inofensivo, minha GPU vem gritando há cerca de 3 anos.