Este é provavelmente o problema com o X, eu me deparei com isso antes de usar o touchegg, mas desisti dele rapidamente. Execute-o até que a CPU comece a ficar alta e procure na sua journalctl
você deve ver mensagens de aviso / erro relacionadas ao X. Além disso, @ user19087 ofereceu strace -c
seria uma boa maneira de começar a analisar melhor o assunto.
Você criou o touchegg da AUR ou de você mesmo?