Sim, essa linha só é mostrada quando a codificação de vídeo e áudio é concluída e os fluxos de bits foram mesclados ("muxed") no formato do contêiner.
Naturalmente, pode ter havido erros menores durante a conversão, como timestamps incorretos, falta de pacotes no caso de um fluxo RTP como entrada, etc. Mas, em geral, é seguro dizer que a conversão parou quando esta linha aparece.
Você também pode inspecionar o
frame= 50 fps=0.0 q=-1.0 Lsize= 12kB time=00:00:02.00 bitrate= 50.9kbits/s dup=1 drop=0
linha para contagem de quadros ou timestamp, já que você provavelmente saberá quantos quadros ou a hora que o vídeo de saída deve ter.