Eu suponho que você esteja falando sobre um monte de arquivos .url? Por exemplo, como aqueles usados no IE?
A maneira mais fácil de pensar é exportar os arquivos (e as pastas em que estão) do IE e, em seguida, importar o arquivo .htm resultante para o Firefox.
Se eles não estiverem no IE, copie todos os arquivos e pastas para uma subpasta de c: \ Usuários \\ Favoritos. Se você abrir sua cópia do IE, verá que eles foram adicionados ao seu menu de favoritos.
No IE, pressione ALT para abrir o menu Arquivo e selecione Importar e exportar. Selecione "Exportar para um arquivo" e, em seguida, basta marcar a caixa de seleção de Favoritos. Selecione o que você deseja exportar, por exemplo, todos os favoritos (selecionados por padrão) ou uma ramificação de pasta específica. Especifique onde você deseja salvar o arquivo .htm resultante e, se necessário, forneça um nome diferente do "bookmark.htm" padrão. Clique em Exportar e o arquivo .htm será criado, incluindo detalhes das pastas e quais URLs estão em qual pasta.
Agora, no Firefox, acesse "Marcadores" e "Mostrar todos os marcadores" para ativar a Biblioteca. Clique em Importar e fazer backup, Importar favoritos do HTML, selecione o arquivo .htm exportado do IE e clique em Abrir. Todos esses URLs serão importados para o Firefox, incluindo sua estrutura de pastas.