Não deve haver diferença, AFAIK. Se isso te ajudar, meu layout de HDD atual é muito parecido com o seu, e no meu caso eu realmente tenho / como a partição primária e / home e troco como partições lógicas dentro da partição estendida. Parece assim:
$ sudo fdisk -l /dev/sda
Disk /dev/sda: 232.9 GiB, 250059350016 bytes, 488397168 sectors
Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disklabel type: dos
Disk identifier: 0x52305230
Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 208896 82223103 41007104 7 HPFS/NTFS/exFAT
/dev/sda2 * 82223104 205697023 61736960 83 Linux
/dev/sda3 205697024 488396799 141349888 5 Extended
/dev/sda5 205699072 480008191 137154560 83 Linux
/dev/sda6 480010240 488396799 4193280 82 Linux swap / Solaris
$ lsblk
NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
sda 8:0 0 232.9G 0 disk
├─sda1 8:1 0 39.1G 0 part /mnt/win
├─sda2 8:2 0 58.9G 0 part /
├─sda3 8:3 0 1K 0 part
├─sda5 8:5 0 130.8G 0 part /home
└─sda6 8:6 0 4G 0 part [SWAP]
NOTA: Você deve ter notado que estou usando apenas três partições primárias (Win, raiz e estendida) em vez de quatro; isso é porque há outra partição primária muito pequena (100 MiB) no início do disco que não aparece lá. Apenas testando coisas, eu vou me livrar dele na próxima vez que eu formatar a caixa, mas isso não invalida o meu ponto.