Em qual plataforma você instalou o Chrome? Testado isso em Mac (10.9) e Win (7) com a versão mais recente e a barra é sempre cinza claro, a cor não está mudando.
Independentemente da plataforma usada, acho que não há como alterar esse comportamento. Talvez este seja apenas um bug que será resolvido na próxima atualização. Caso contrário, envie um relatório de erros: link