Sim, você pode ter configurações diferentes. Quando usado como root, somente o arquivo de configuração do sistema é usado, mas ainda permite a configuração por ponto de montagem.
Na ajuda :
kernel_fs fuse
proxy foo.bar:8080
use_displayname 0
[/media/dav]
use_displayname 1
[/home/otto/mywebspace]
use_locks 0
No entanto, não tenho certeza se você pode desativar completamente o cache. Eu acho que sempre armazena em cache arquivos abertos, não importa o que você definiu.