A falha crítica em seu plano é enquanto o computador ainda está em execução? A maioria dos arquivos pode ser copiada, mas os arquivos em uso falharão. Além disso, o Windows protegerá certos diretórios e arquivos. O registro do Windows, em particular, está bloqueado (C: \ windows \ system32 \ config e não conheço nenhuma maneira de substituir nenhum desses arquivos enquanto o sistema está em execução.