Meu entendimento disso é que, enquanto o gconf copiava toda a árvore para o seu diretório home, o dconf não. Portanto, há um monte de coisas que o dconf-editor simplesmente não vê como pode ou não estar em seu diretório inicial (o editor-dconf parece funcionar apenas neste escopo).
gsettings parece dar MUITO resultados mais consistentes ...