O que você deve fazer é não colocar a rota padrão para VPN / ppp0, o que provavelmente é o que você está fazendo, mas colocar na rota VPN / ppp0 apenas o host / rede que você realmente precisa rotear sobre esse link (ou seja, apenas os endereços / redes que estão na intranet da universidade).
Como fazer isso depende um pouco da VPN que você está usando. Por exemplo, se o software vpnc você deve verificar a diretiva "Target networks" que informa quais redes encaminhar nele (e provavelmente também definir "DNSUpdate não" para que você não altere seus servidores DNS) em vez de colocar o gateway padrão (que é encaminhar todo o tráfego)
Caso contrário, você poderia dar uma olhada nos Namespaces de Rede Linux, que podem ser ainda mais avançados para o seu caso, mas verifique este artigo: link .