A proteção contra cópia nos arquivos WTV está vinculada à sua instalação do Windows. Se você tentar copiá-los para outro computador, eles não funcionarão. A conversão precisa realmente ser feita no Windows PC.
Você deve consultar a pergunta Como faço para converter arquivos WTV (e DVR-MS) em um formato padrão menor? . Há respostas que se referem a usar apenas o ffmpeg (revelação: um é meu) e não é necessário usar um aplicativo específico do Windows programa.