Eu tive um problema semelhante há pouco, e depois de ficar um pouco louco, descobri que era um pequeno problema idiota - eu acidentalmente desmarquei a opção Compatibilidade do Gnome no gerenciador de configurações do CompizConfig. A opção Compatibilidade do Gnome é o que torna o Compiz compatível com o ambiente de desktop do Gnome. Espero que isso ajude a resolver seu problema :)