Não sei por que você teria tudo instalado nos dois lugares, mas para tentar responder de qualquer maneira:
Eu acho que você tem que encontrar uma maneira de excluir tudo da segunda partição, e a maneira mais fácil de fazer isso é começar de novo com uma nova instalação. Isso pode até ser complicado demais para você fazer por conta própria, mas pelo menos isso daria a você uma maneira de criar apenas uma partição.