Uma boa solução pode ser adicionar o usuário do Apache (http) a cada grupo de usuários:
adduser http user1
adduser http user2
adduser http user3
etc...
Você precisará de um pequeno script para fazer isso, mas isso dará ao Apache o acesso necessário na maior parte do tempo.
Alternativa / melhor solução
Veja se o servidor FTP tem uma opção para o grupo padrão para arquivos criados e configure o PHP com SuexecUserGroup user1:http