O que você pode fazer é ligar uma chave para enviar "exit ^ M" para a sessão do shell, em vez de produzir o comando kill na própria tela. Claro, isso só funciona caso você não tenha mais nada acontecendo no shell. Para essas ocasiões, você pode ter que modificar um pouco este exemplo, por exemplo para enviar CTRL C seguido por exit.
Adicione bind ^K stuff "exit^M"
ao seu ~/.screenrc
e reavalie-o por CTRL + a : source ~/.screenrc
.
Depois disso, você poderá matar sessões de shell com uma linha de comando vazia esperando com CTRL a CTRL K (observe o K maiúsculo aí, você provavelmente não vai querer sobrescrever completamente o comando kill da própria tela).