Gostaria de saber se você realmente quer dizer "criptografar seu compartilhamento de arquivos". Se este for o caso, você provavelmente não pode fazê-lo (abreviação de criptografar os arquivos em cima da parte) e / ou o dispositivo de apoio - nenhum dos quais são SAMBA relacionados. O que você pode, no entanto, é proteger os compartilhamentos com senha para que os usuários precisem de uma senha (ou acesso ao servidor) para acessar os arquivos. (Veja este link em security.stackexchange)
Esta ligação fala sobre senha que protege o material. Basicamente, você precisa definir uma lista de usuários e senhas que o SAMBA pode manipular e, em seguida, definir "usuários válidos" para esse recurso. Por exemplo, trechos de código apropriados podem ser -
[global]
security = user
encrypt passwords = yes
smb passwd file = /usr/local/samba/private/smbpasswd
[sales]
path = /home/sales
comment = Sedona Real Estate Sales Data
writable = yes
valid users = sofie shelby adilia
admin users = mike
Você pode usar o smbpasswd para manter o banco de dados de senhas.