Elimine a configuração explícita do seu ~/.vimrc
e, em vez disso, passe-a para o Vim nas suas definições de alias, por exemplo:
$ alias darkvim='vim --cmd "set background=dark"'
Personalizações semelhantes podem ser feitas definindo uma variável ( --cmd "let g:myvar = '...'"
) e avaliando-a no seu .vimrc
.