Existem dois formatos de caixa de correio diferentes e você precisa saber qual deles está sendo usado.
O formato antigo é o MBOX e é um arquivo único para cada pasta (se estiver usando o IMAP).
O formato mais recente é o MailDir. Isso é muito mais comum e agora usado pela maioria dos servidores de email (com exceção do Microsoft Exchange e do Lotus Notes, é claro). Isso usa uma pasta e um formato de arquivo mais complexos. Embora a estrutura ainda seja facilmente compreendida.
Em ambos os casos, enquanto você pode usar as ferramentas do sistema de arquivos para copiar, você precisa ter certeza de que um servidor de e-mail não está tentando atualizar os arquivos ao mesmo tempo Tempo. Então, geralmente, é apenas seguro fazê-lo quando o servidor de e-mail não está em execução.
No caso específico que você mencionou. Se o formato for MBOX, a cópia será legível por um cliente de email apropriado. Mas você pode ter quebrado o servidor de e-mail.