Este é um problema comum com gráficos ATI (você não mencionou seus gráficos, mas estou assumindo que você tem gráficos ATI por causa disso).
Até onde eu sei, não há atualmente nenhuma solução para esse problema. Não se preocupe, porque é inofensivo.
Eu tenho um problema estranho com a minha configuração de tela dupla Ubuntu 12.04 (laptop Toshiba + um monitor).
Depois de um tempo, o cursor em uma tela muda completamente sua forma (não o tempo todo). Eu realmente não sei como descrever isso porque é sempre outra coisa. Às vezes eu pego quatro ou cinco linhas verticais ao invés de um cursor, às vezes eu só consigo ver parte do cursor, etc, às vezes aparece uma sombra estranha.
Isso só acontece em uma tela simultaneamente. Se eu for para a outra tela, o cursor parece estar bem, mas quando eu mudo de tela, o cursor muda. Tentei fazer uma captura de tela, mas quando o faço, o cursor fica bem.
Estou usando o Unity e o Gnome 3, mas o problema está nos dois ambientes de área de trabalho. Nada está errado com a minha tela, porque eu também estou usando o Windows e não tenho nenhum problema lá.
Este é um problema comum com gráficos ATI (você não mencionou seus gráficos, mas estou assumindo que você tem gráficos ATI por causa disso).
Até onde eu sei, não há atualmente nenhuma solução para esse problema. Não se preocupe, porque é inofensivo.