Eu encontrei uma solução no comentário de Eric na seguinte pergunta ( Parar o NppExec da captura da saída do console até que o programa termine ), mas existe uma maneira melhor?
Para referência, eu tive o problema adicional de que tanto o programa a ser executado quanto seu argumento precisam ser citados (seu caminho contém espaços), então eu tive que usar um par extra de aspas:
cmd /c ""c:\my path to python with spaces\python" -u "$(FULL_CURRENT_PATH)""
Atualizar : a mesma solução alternativa é encontrada na postagem a seguir:
Na verdade, esse post é copiado textualmente na seção 4.6.4. "Executar scripts Python com o wxPython" do manual NppExec. Infelizmente esse manual é muito mal referenciado pelo Google, daí a minha pergunta aqui.