Acabei de ter um problema semelhante ao tentar obter atalhos de teclado com o Foobar2000 no Linux Mint. O problema era que o diretório de trabalho dos atalhos de teclado era o diretório raiz do sistema e não meu diretório inicial, e ~/
caminhos não estavam funcionando.
Em outras palavras, eu estava colocando o caminho como:
wine ~/WinPrograms/Foobar2000/foobar2000.exe /playpause
Ou:
wine /WinPrograms/Foobar2000/foobar2000.exe /playpause
Mas eu tive que usar:
wine /home/[myusername]/WinPrograms/Foobar2000/foobar2000.exe /playpause