Você pode usar o dd sobre SSH.
dd faz uma cópia literal de qualquer coisa que você apontar e coloca em um arquivo em qualquer destino que você especificar.
Veja um artigo com detalhes:
A quantidade de tempo que copia a imagem da unidade provavelmente será significativamente menor do que a quantidade de tempo que você gastaria para descobrir quais arquivos precisam ser copiados e você poderá tar / gzipar o arquivo se quiser reduzir a sobrecarga de transferência.