Ok, durante a depuração, eu fiz um envoltório simples em torno da função e ela começou a funcionar. Provavelmente o cronômetro passa a função de algo engraçado em argumentos ou o fechamento não estava certo. Em qualquer evento. :)
(defun progo-run-agenda-store ()
""
(message "Agenda to be exported... ")
(org-batch-store-agenda-views)
(message "Agenda exported!"))
(run-at-time 5 5 'progo-run-agenda-store)