Eu usei uma ferramenta gratuita (para uso pessoal) chamada Recuva que conseguiu encontrar essas pastas e arquivos perdidos com sucesso. Eu só perdi nomes de algumas pastas e arquivos.
Também executei a ferramenta do Windows Check Disk, que não encontrou nenhum problema. Ímpar. Parece que o Sync Toy não é o culpado aqui.