Você está misturando termos!
A primeira captura de tela é igual à segunda - ela é um console padrão do Windows.
A terceira tela, na verdade, é um emulador do mintty, mas não um console real. Veja "min" em seu nome? Uma enorme quantidade de aplicativos não pode ser executada de forma alguma!
Eu acredito que a solução é usar o console apropriado. Além disso, você pode tentar ConEmu como terminal avançado do Windows, é "tudo propor e full-featured" (eu sou o autor).
Quanto ao criador do QT ... Tente usar o ProcessMonitor para encontrar o problema. Sim, isso não é rápido e fácil, mas você pode tentar. Se estiver trabalhando em outro PC, você poderá comparar seus registros. Além disso, pode haver alguns ganchos globais de instalação de ferramenta de terceiros, o que interfere no comportamento normal da tubulação. Pode ser outra coisa ... Vírus ou antivírus, não?