Isso faz sentido. Cada tipo de dispositivo USB fornece uma identificação exclusiva ao computador, para que o computador possa carregar o driver correto. Se você usa um ID diferente para USB3, acaba confundindo um driver com uma lista de IDs na qual esse novo ID não está.
Para corrigir o problema permanentemente, o driver deve ser modificado para incluir os novos IDs. Este é um problema com o Linux (kernel) e deve ser reportado como um bug.
Para que ele funcione sozinho, você pode seguir este guia para adicionar um ID ao seu driver: link Tente isso somente se você estiver confortável executando os comandos.