Não realmente. Não há necessidade de desfragmentar os discos, porque eles não ficam fragmentados, a menos que você tenha 99% do disco cheio. Não há necessidade de uma limpeza, a menos que você esteja realmente com pouco espaço. O desempenho não é um problema, como no Windows. Também não há necessidade de limpar o registro, porque o Ubuntu não possui um.
No entanto, alguns aplicativos podem precisar de manutenção. Por exemplo, os bancos de dados do Firefox podem ficar inchados com o tempo, então você precisa aspirá-los para mantenha o desempenho alto. Qualquer aplicativo que use arquivos SQLite pode sofrer o mesmo problema.
Se você quiser fazer uma limpeza, consulte equivalente ao CCleaner? .
O que eu faço para evitar o desperdício de espaço é sempre limpar o cache do apt. Isto é o que eu uso ao atualizar pacotes:
sudo apt-get clean
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get autoremove
O primeiro comando limpa o cache, o segundo atualiza as fontes do software, o terceiro atualiza os pacotes necessários e o último desinstala o software desnecessário.