OK, Aconteceu que era outro aplicativo, o iDisplay, que estava me causando problemas. Desinstalado e está tudo bem agora.
Tenho um Macbook Pro Retina no início de 2013. Até recentemente eu estava usando o bootcamp para usar o windows, mas eu achei o Parallels realmente uma experiência melhor, então eu tenho usado o OSX cada vez mais. Periodicamente, depois que ele acorda ou retorna da proteção de tela ativa, ele muda para "Escalado" em vez de "melhor para retina".
Como faço para impedir que ele mude para "dimensionado"? Eu gostaria de mantê-lo em "Best for retina" o tempo todo.