Talvez você possa canalizar os comandos para o seu programa em execução. Você quer que a parte esquerda do tubo espere antes que ele mostre os comandos.
:loop
(
timeout /t 300 /nobreak ^>nul^&echo save-all^&echo stop^&(call )
)|java -Xmx8192M -Xms8192M -jar minecraftforge-universal-1.6.2-9.10.1.871.jar
timeout /t 120 /nobreak
goto loop
O (call )
é um método rápido para fazer um não-op. O comando extra é necessário para evitar que um espaço à direita seja anexado ao final do comando stop
.
Se isso não funcionar, então você definitivamente pode fazer o que quiser usando o AutoIT freeware .