Parece que você está no modo 3D errado no YouTube, tente clicar na roda dentada de configurações e "opções" ao lado da opção 3D.
Não tenho certeza de qual modo você realmente precisa para uma TV 3D, suponho que seja provavelmente o Interleaved, pelo que você descreveu você provavelmente está no modo Lado a Lado agora.