Você pode usar xsetwacom para redefinir as teclas da caneta.
Identifique a caneta usando xsetwacom --list devices
Wacom Serial Penabled Touchscreen stylus id: 15 type: STYLUS
Wacom Serial Penabled Touchscreen eraser id: 16 type: ERASER
e ligue o botão que você deseja usar para rolagem (no meu caso, o botão de 2/3 da caneta, Button 2) via
xsetwacom set "Wacom Serial Penabled Touchscreen stylus" Button 2 2
O primeiro valor após a string do nome do dispositivo é o nome do botão, isto é, o botão 2 (com um espaço) e o segundo valor "2" é o número do botão X11 do botão do meio do mouse, veja também man xsetwacom
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