Em japonês e outros idiomas, não há espaços em um parágrafo. O modo organizacional interpreta isso como uma continuação de uma descrição de link, o que atrapalha a semântica e a formatação.
Exemplo:
[[link][いろはに]]ほへと、
A saída (se incluir o \usepackage{CJK} apropriado no cabeçalho do LaTeX), terá um link que sangra para a direita até que um sinal de pontuação seja encontrado.
O que fazer?
Uma solução alternativa é mudar o exportador LaTeX para pLaTeX, que é formulado para japonês. No entanto, isso quebra a exportação em inglês. Além disso, é difícil desvendar cosmeticamente, já que a passagem inteira é mostrada como um link no Emacs:
edit: O XeLaTeX pode lidar com este e outros problemas mistos do Unicode. Você pode alterar isso na personalização do org Export PDF Process.