Eu tenho uma configuração semelhante - unidade externa 3TByte USB 3, Time Machine
backup a cada hora, Carbon Copy Clone
todas as noites produzindo duplicatas de aplicativos visíveis.
Eu tive (ainda tenho) o mesmo problema, no entanto, acho que me livrei dele.
Eu usei os mesmos comandos que você faz para reconstruir o banco de dados launch services
e minhas duplicatas retornariam também. Eu brinquei com os comutadores para esse comando launch service
reconstrução e cheguei ao seguinte que manteve minha lista Open With
livre de duplicatas por aproximadamente uma semana. Aqui está:
$ /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Frameworks/LaunchServices.framework/Support/lsregister -kill -seed -r -f -domain local -domain system -domain user