Assumindo que o computador remoto é uma caixa do Windows (e também assumindo que você está fazendo um login sempre que se conectar e não apenas conectando a uma sessão existente (é considerado RDP?)), você não pode simplesmente adicionar um atalho para o programa na sua pasta de inicialização?
Se você não estiver usando o Windows, isso obviamente não ajudará. De qualquer forma, você precisa dar mais detalhes.