Bem, em primeiro lugar, simplesmente migrar sua pasta de arquivos de programa para o HDD é uma idéia ruim real , porque você não considerou a enorme função que o Registro do Windows desempenha em como os programas são instalados. O trabalho envolvido em "mover" uma instalação de software para outro local geralmente é um trabalho massivo porque provavelmente existem milhares de entradas de registro que fazem referência à localização atual do programa no SSD.
Minha recomendação seria comprar um SSD maior, clonar o drive do Windows nele e deixar seus programas lá, ou desinstalar seus programas e reinstalá-los corretamente no HDD.
Minha configuração em casa é semelhante à sua, mas eu tenho uma pasta no meu disco rígido chamada "Instalação de software", onde instalo todos os meus programas, e não no SSD. Eu só instalo os programas em que o desempenho é crucial para o meu SSD.