Isso é bastante trivial, mas você terá que fazer essa verificação antes de ler a primeira linha.
Se você sempre abrir o arquivo por conta própria, pode ter certeza de que sua primeira iteração está no início do arquivo:
Set file = FSO.OpenTextFile(filepath)
Set firstline = True
Do Until file.AtEndOfStream
line = file.ReadLine
If firstline Then
firstline = False
'Do first line stuff
ElseIf ...
End If
Loop
Se você não sabe ao certo que o arquivo realmente estará no começo (ou seja, você não está abrindo essa parte do código):
Set file = FSO.OpenTextFile(filepath)
Do Until file.AtEndOfStream
line = file.ReadLine
If file.Line == 2 Then ' we are actually at the second line now (after reading)
'Do first line stuff
ElseIf ...
End If
Loop