Agora encontrei uma solução adequada com exiftool.
A cópia com:
exiftool.exe %1 -MakerNotes:NikonCaptureData -b -U > "%temp%\xmp.mie"
e para aplicar na imagem:
exiftool.exe "-MakerNotes:NikonCaptureData<=%temp%\xmp.mie" -w! -b -U %1
Eu fiz um pacote com os arquivos zip e uma instrução sobre como integrar o Nikon View NX 2