Se o eclipse for instalado a partir do centro de software (versão 3.5.2), as cópias do ícone do eclipse serão colocadas nos seguintes locais:
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/usr/share/icons/hicolor/16x16/apps/eclipse.png
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/usr/share/icons/hicolor/32x32/apps/eclipse.png
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/usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/eclipse.png
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/usr/share/pixmaps/eclipse.png
Talvez a cópia do ícone nesses locais (com o tamanho certo) resolva seu problema.