A única coisa em que consigo pensar é ter um vhost com curinga: * .example.com e usar scripts do lado do servidor para distinguir entre subdomínios. Dependendo de quão diferente é o conteúdo do site, isso pode ou não funcionar - com base no subdomínio, você pode usar arquivos diferentes <?php include(); ?>
(ou # include
dependendo do idioma).
Você poderia definitivamente ter alguns problemas de cache com isso, e não é o mais robusto, mas dependendo de suas necessidades pode funcionar, e isso impede que você tenha que modificar sua configuração do apache para cada subdomínio.