Não, o código-fonte do kernel é independente de arquitetura. Embora algumas arquiteturas antigas não suportadas (por exemplo, MIPS de 32 bits) possam precisar de patches locais, o x86_64 não é um deles.
Tente aumentar a verbosidade para ver o que isso faz. Talvez o segfault não aconteça no compilador, mas no binário fixdep compilado.
Em ambos os casos, há um grande problema com sua fonte do kernel ou com o seu sistema.
(Você ainda pode experimentar um novo download / descompactar de fontes do kernel, se estiver quebrado de alguma forma, tudo ficará bem)