Para iterar as informações dos comentários e transformá-las em uma resposta adequada: verifique se você está no mesmo diretório do arquivo que deseja modificar. Se você fez o download para ~/Downloads
(a pasta de download em seu diretório pessoal), então primeiro cd
there:
cd ~/Downloads
chmod +x TheBrain_unix_8_0_0_4.sh
Agora você pode executar o arquivo:
./TheBrain_unix_8_0_0_4.sh
Quanto à instalação do Java, consulte este artigo .