Eu tenho o mesmo problema com o Windows 7 x64 e minha barra de tarefas fina ["ThinTask V2" ou "Thinner Taskbar"], do lado esquerdo: alguns ícones desaparecem sozinhos e outros ao passar por cima deles [ou vice-versa ]. Bem, se quisermos ser mais específicos, os ícones não desaparecem, mas ficam transparentes ["vazios"]
Eu fiz algumas pesquisas e saí do curso de mãos vazias; Parece que a sua discriprion deste problema é a única conta dele na Internet que eu poderia encontrar. A única solução que funciona para mim é para torná-lo à mão um pouco mais amplo, mas o arrasto é que eu tenho que fazer isso toda vez que eu entrar no Windows