Eles podem estar ocultos. Dependendo da edição do Windows, existe um procedimento diferente para mostrar arquivos ocultos, mas você pode acessar todos eles a partir de uma janela Meu Computador ou Windows Explorer. Procure um local para alterar as Opções de pasta e selecione a configuração "Mostrar arquivos e pastas ocultos". Além disso, tente executar uma varredura de disco, caso haja uma corrupção do sistema de arquivos. NTFS vai cagar de vez em quando (FAT / FAT32 é muito pior) e um CHKDSK precisa ser executado sobre ele (Clique com o botão direito na unidade, clique em Propriedades e encontrar o disco de seleção para erros e clique em TI.)