we are likely to go over if everyone is tunneling their traffic through the EC2 instance
Por quê?
É a mesma quantidade de tráfego entre a AWS e você (mais a sobrecarga para o encapsulamento de encapsulamento) se você passar por uma instância do EC2 ou se se conectar diretamente ao RDS pela Internet.
Data transferred between Amazon RDS and Amazon EC2 Instances in the same Availability Zone is free.
Se você configurar a instância do EC2 na mesma conta da AWS e na mesma zona de disponibilidade, será cobrado (ou estará usando sua alocação de camada gratuita) para transferência de dados do EC2 para a Internet em vez de sendo cobrado pela transferência de dados do RDS para a Internet. A alocação de largura de banda da camada gratuita é para todos os serviços combinados , não por serviço, por isso não vejo uma diferença significativa em seu custo potencial.