Eu usaria rsync
para copiar o que estiver ausente / diferente no remoto.
por exemplo, rsync -av /res/output user@remotehost:/where/you/want/them
adicione essa linha ao seu crontab
O rsync precisará fazer o login no seu host remoto, então você também deve corrigir isso se isso não funcionar para você agora. (você pode ssh em seu host remoto sem precisar fornecer uma senha? As configurações de chaves públicas / privadas?)