Normalmente, quando você usa numeração de figura de capítulo em uma legenda, a numeração é inserida usando campos como este:
{ STYLEREF 1 \s }.{ SEQ Figure \* ARABIC \s 1 }
em que "1" significa estilo incorporado "Título 1"
Acho que neste caso você terá que inserir um campo {SEQ} no início de cada capítulo (por exemplo, no título do capítulo) como este
{ SEQ Chapter \h }
substitua o campo {STYLEREF} por outro campo {SEQ} como este:
{ SEQ Chapter \c }
(Você poderia colocar * ARABIC lá como o outro campo, mas não é realmente necessário)
Existem outras possibilidades, mas é provavelmente a mais simples. Você precisará verificar se as Tabelas de Figuras, as referências básicas etc. funcionam como esperado (acho que elas funcionam).