A mensagem "Alterando as propriedades do quadro em tempo real não é suportada" é enviada porque todo o seu JEPG não tem o mesmo tamanho (como o primeiro 532x800)
Para lidar com esse caso, é possível dimensionar todas as imagens de entrada JPEG para um determinado tamanho:
ffmpeg -r 32 -qscale 1 -i %05d.morph.jpg -vf scale=532:800 output2.mp4
Para mais informações sobre redimensionamento e dimensionamento com o ffmpeg, consulte essa página