IMAP é o caminho a percorrer; Com o POP3, você pode perder e-mails em uma das máquinas, mesmo que você os deixe no servidor por alguns dias. E todos os seus e-mails enviados estarão em um só lugar também.
Mailclients também têm regras de filtragem, por isso você ainda pode mover automaticamente as mensagens recebidas para a pasta correta.